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上海农业科学院是一家市级综合性农业科研机构。它还是一个学科齐全、设备先进、学术水平高、成果转化能力强的地方综合性农业科研机构，为上海乃至全国农业发展提供了强有力的支持。目前有作物育种与栽培研究所、林木果树研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、畜牧兽医研究所、生态环境保护研究所、农业科技信息研究所、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、上海农业生物基因中心等10个研究机构，拥有一个综合服务中心和一个综合检测站。上海农业科学院现有12个研究所(中心和站)，涉及作物育种和栽培、环境科学、植物保护、园艺、蔬菜、食用菌、畜牧兽医、农业科技信息、动植物引进、生物技术、检测和饲料监测。农业部还有食用菌遗传育种和上海遗传育种的重点实验室。拥有国内外先进精密分析仪器设备70多套，国家和部级科技创新平台和成果转化平台17个，市级科技平台8个。

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